Le Centre Saint-Raphaël a été créé en 1955 par la Congrégation des Sœurs Hospitalières, afin d’accueillir au sein d’un internat des enfants et adolescentes en situation de déficiences, sous la forme d’un Institut Médico-Pédagogique (IMP). Pour mieux répondre aux besoins des usagers, en 1981, l’IMP a évolué en Foyer de vie. Depuis 2011, l’établissement accueille un public mixte, avec pour objectif de proposer des accompagnements individualisés. En janvier 2023, il rejoint le Territoire marseillais de la Fondation Saint Jean de Dieu, à proximité du Centre Forbin et du Centre Saint-Barthélemy.